Pirmasis dokumentas apie šioje vietoje stovėjusį Kairėnų dvarą išlikę iš 1545 m. - savininkas buvo Jarmala. Vėliau savininkai keitėsi - J. Isaikovskis, K.J. Sapiega, J.D. Lopacinskis, J. Tiškevičius, Stolypinai. Deja, mediniai dvaro rūmai neišliko, išliko tik jų pamatai. Bet gerai išsilaikė kiti buvusio dvaro pastatai - arklidės, vandens malūnas ir kt. Manoma, kad šios arklidės buvo pastatys XIX a.

2003-03-14 Kairėnų dvaro sodyba paskelbta Valstybės saugomu kultūros paveldo objektu. 2007-2008 m. m. Botanikos sode įgyvendintas didelis investicinis projektas, finansiškai remtas ES struktūrinių fondų ir Lietuvos Respublikos lėšomis (bendra jo vertė 7,3 mln.Lt). Jo dėka Botanikos sodo infrastruktūra pritaikyta turizmo reikmėms: rekonstruoti trys buvusio dvaro pastatai, tame tarpe ir buvusios dvaro arklidės. Jose įrengtos įvairios paskirties patalpos - darbui, edukacijai, viešiems renginiams.

Šiuo metu čia yra mažoji posėdžių (antrame aukšte) ir didžioji konferencijų salė (pirmame aukšte), kurioje taip pat įrengtas ir Muziejus. Jame, be nuolatinės ekspozicijos vyksta ir įvairios besikeičiančios parodos - dailės, keramikos, fotografijos, tekstilės, gėlių ir pan., taip pat vyksta koncertai, knygų pristatymai, nuomojama asmeninėms šventėms ir pan. Muziejus lankytojams paprastai būna atviras savaitgaliais, čia eksponuojamos meno parodos.

Rekonstruotos buvusios dvaro arklidės                              Vaizdas iš viršaus