VU Botanikos sodo centras ir pagrindiniai skyriai yra Kairėnuose (Kairėnų 43, Vilnius). Automobiliu iš Antakalnio važiuoti Saulėtekio alėja, toliau - Plytinės gatve. Pravažiavus Kairėnų ir Plytinės gatvių sankryžą (žiedo salelėje stovi medinis kryžius), dar apie 100 m važiuoti tiesiai ir dešinėje pusėje yra įvažiavimas į VU Botanikos sodo stovėjimo aikštelę.

Į VU Botanikos sodą Kairėnuose galima atvykti 18 ir 38 maršruto autobusais iš Antakalnio transporto žiedo arba 114 iš „Antakalnio žiedo“ ar „Klinikų“ stotelių. Važiuoti iki stotelės „Kairėnai“.

VU Botanikos sodo Vingio skyrius (M. K. Čiurlionio 110, tel. (8 5) 233 0160) yra Vingio parke tarp estrados ir Neries, šalia stadiono (buvusioje Radvilų dvarvietėje).